Alignement local.

On n'impose plus un alignement de toutes les lettres de chaque chaine mais seulement d'un morceau de chaque chaine. La méthode de recherche de l'alignement local optimal est la même à ceci près que:

• quand on calcule le max dans l'équation (1), on doit rajouter 0, ce qui correspond à rejeter un alignement de valeur négative en préférant un alignement local avec 0 lettres
• l'initialisation se fait avec $V(i,0)=V(0,j)=0$
• le score de l'alignement local doit être rechercé dans tout le tableau $V(i,j)$ et pas seulement dans la dernière ligne.