Connectivité plus grande, du fait que Linux est par essence un système conçu pour le travail en réseau. Sous X-Window, un même programme peut ouvrir des fenêtres sur plusieurs machines ou terminaux distants, et mettre les utilisateurs en intéraction. Plusieurs logiciels de groupware existent dores et déjà, d'autres sont en cours de portage.
Accès par l'intermédiaire de la toile (web) à un très grand nombre de ressources: logiciels libres et données scientifiques (majoritairement disponibles pour les environnements Unix), données culturelles.
Bénéfices dûs au caractère multi-utilisateurs et la protection des données système. Dans des conditions normales d'utilisation, la maintenance d'un poste de travail consiste en la mise à jour des logiciels (et ce, éventuellement sur le seul serveur), et non pas en la réparation de systèmes qui se dégradent du fait d'erreurs de manipulation commises par les utilisateurs.
Pérennité des solutions logicielles disponibles, du fait du libre accès aux sources, et de la possibilité d'un portage sous pratiquement tous les autres environnements.
Pérennité des formats de données. Linux respecte la plupart des standards définis par les consortiums internationaux et s'y tient. Le système TeX/LaTeX, utilisé depuis de nombreuses années par la communauté mathématique et scientifique, permet sans aucune difficulté la réexploitation des données plus de 15 ans après la mise en oeuvre initiale du système. C'est un instrument tout à fait exploitable pour la production de documents de cours. Pour les utilisateurs rebutés par la difficulté d'apprentissage de la syntaxe de TeX, il existe maintenant des préprocesseurs conviviaux de type WYSIWYG comme LyX.
Grande résistance aux agressions extérieures (virus, tentatives d'intrusion), du fait d'un souci permanent de sécurité, comme sous tout système Unix.
Très grande configurabilité du système. Linux est de conception très modulaire et peut-être configuré suivant les besoins de l'utilisateur final.
Le caractère ouvert des logiciels libres est conforme à l'éthique de la transmission du savoir et des connaissances. Si on le souhaite, il est possible de comprendre en profondeur la mécanique interne des programmes et du système d'exploitation.
Manque de visibilité auprès du grand-public et des décideurs, en l'absence - jusqu'à une date récente, du moins - de structures commerciales organisées. Des machines préinstallées avec Linux vont être prochainement commercialisées, mais ce n'était pas le cas jusqu'à présent.
Inertie des utilisateurs et des institutions. Il est très difficile à un système nouveau (même fortement innovant) de s'implanter face à un système en situation de quasi-monopole sur le créneau des postes de travail. Les utilisateurs doivent changer leur habitudes et/ou convertir leurs données. Des formations spécifiques et des réadaptations doivent être envisagées pour de nombreuses catégories de personnels.
Difficultés d'usage inhérentes au système, pour l'utilisateur final. Linux est un système très puissant, multi-tâches, multi-utilisateurs, multi-plateformes, muni de nombreux dispositifs de protection. La philosophie générale de fonctionnement est donc assez différente des systèmes grand public les plus répandus (Windows9x et Mac), ce qui peut dérouter les novices. Il en résulte nécessairement certaines contraintes d'utilisation.
Absence d'interface graphique standardisée (mais la variété et la diversité des interfaces disponibles peuvent être aussi ressenties comme un atout; certaines interfaces sont moins gourmandes en ressources et restent tout à fait utilisables sur des machines anciennes possédant peu de mémoire vive - 8Mo semblant être un minimum pour pouvoir utiliser sans trop de peine le système X-Window.)
Manque d'applications (réel ou
ressenti), surtout dans le secteur éducatif ou ludique.
Sur ce dernier point, l'avenir doit être envisagé avec optimisme, compte-tenu de la dynamique actuelle. On peut aussi remarquer qu'il existe déjà une logithèque tout à fait conséquente, apte à répondre à une partie importante des besoins en matière éducative. A l'appui de cette affirmation, nous allons ici présenter un certain nombre de logiciels libres intéressants. Tous peuvent être téléchargés gratuitement sur le web, et un bon nombre figurent dans les distributions commerciales courantes de Linux.