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Fonction de score

Soit $A$ un alphabet complété par la lettre "-" qui représente un ``gap'' dans une séquence, par exemple pour de l'ADN:

\begin{displaymath}A=\{ ''A'', ''C'', ''G'', ''T'', ''-'' \} \end{displaymath}

On se donne une fonction score $\sigma (\alpha ,\beta )$ à deux variables $\alpha $ et $\beta $ qui sont des lettres de l'alphabet $A$. Cette fonction indique le score qu'on souhaite attribuer à l'alignement du caractère $\alpha $ d'une chaine avec le caractère $\beta $ à la position correspondante de l'autre chaine.

En C, on peut utiliser deux instructions switch imbriqueés pour implémenter la fonction score (par exemple pour l'ADN), ou (pour les protéines par exemple) utiliser une matrice à deux paramètres (les index peuvent etre par exemple le code ASCII de la lettre). On affecte un score positif lorsque les 2 caractères sont égaux et un score négatif sinon.

Écrire un exemple de fonction int score(char a,char b).



2001-01-24